Molecular Docking (Prof. Dr. apt. Siswandono,M.Si)

Perkembangan penelitian yang luar biasa dibidang Molecular Docking. Hari ini 28 Nopember 2023 diterangkan langsung tentang prediksi/rancangan molekul obat dll.

Prof Siswandono

Study in silico merupakan study awal untuk menuju penemuan obat. Langkah yang pertama  adalah tentukan target. Penemuan obat baru membutuhkan anggaran yang cukup besar sekitar 56 Trilyun.

Paradigma baru dalam Drug Discovery & Development --> tentukan dulu target penyakit contoh Target Pengobatan Antidiabetes.

Langkah-langkah dalam Pengembangan obat:

 

1. Memilih sasaran penyakit dan target obat (reseptor)

2. Skrining senyawa dari bahan alam/hasil sintesis yang mempunyai efek biologis dan menentukan senyawa induk (lead compound)

3. Isolasi dan pemurnian senyawa induk

4. Menentukan struktur senyawa induk

5. Identifikasi hubungan struktur aktivitas (SASRs) dan farmakofor senyawa

6. Studi in silico senyawa induk dan turunannya

7. Sintesis senyawa induk dan turunannya

8. Rancangan Obat Rasioal (Rational Drug Design)

9. Studi preklinik lanjut

Pengujian In Silico dipengaruhi oleh sifat-sifat kimia fisika:

1. Sifat lipofilik / hidrofilik --> mempengaruhi kemampuan senyawa dalam menembus membran biologis (distribusi obat ke reseptor)

2. Sifat elektonik --> mempengaruhi kekuatan ikatan obat reseptor dan kemampuan senayawa dalam menembus

Studi in silico senyawa induk dan turunannya:

 

1. Mempredeksi sifat kimia fisika

2. Mempredeksi sifat biologik

    Absorbsi, Biovailabilitas

3. Memprediksi aktivitas biologis (Proses interaksi Obat- Reseptor= Docking, molecular Dynamic): Mol Dock Score, Rerank Score dll.

 

Docking Steps

 

1. Ligand preparation

    (ChemOffice Suite: ChemDraw & Chem3D)

2.